יפן יצאה למלחמה בין היתר כדי לגרש את הזרים האימפריאליסטים ממזרח אסיה ודרומה, ובזה הם הצליחו ועד 57' פורקו כל הקולוניות המערביות במזרח אסיה. הם הוכיחו לאוכלוסיה המקומית כי האדם הלבן מיצה את נוכחותו והוא לא יכול להגן על המאחזים שלו, ואת זה הם עשו באמצעות השפלה של אסירים לבנים אותם כלאו במחנות ריכוז במדינות הקולוניות. האתגר שעמד בפני האימפריה היה כיצד להפיק את המירב מהקולוניות לאחר סילוק האימפריאליזם המערבי. היפנים בנו על השטחים האלה כדי להשיג משאבים למימון האימפריה שלהם, למשל נפט מאינדונזיה או גומי מהפיליפינים. הדילמה היתה כיצד לשלוט על האזורים הכבושים – בכיבוש ישיר, כלומר שלטון יפני ישיר, מדינות חסות, כלומר שלטון מקומי שמתאם את פעולותיו עם השלטון היפני, או שמא שילוב של שתי השיטות. דילמה נוספת שעמדה בפני היפנים הוא התייחסות למיעוטים בשטחים הכבושים, ובעיקר הסינים, בהם חשדו כי הם עדיין פועלים למען השלטון הסיני ובעיקר צ'אנג קאי-שק.
היו ויכוחים פנימיים בין הצבא, הצי, משרד הפנים ומשרד האוצר מי יהיה אחראי על האיזורים הכבושים וכיצד יש להשתמש בתנועות לאומיות נגד המערב או שמא התנועות האלה יחזרו להכות כבומרנג. התחושה הראשונית של השלטון היתה שיש להם זמן ושל בלתי פגיעות אולם החל מ-1942 היפנים מבינים כי זה רק עניין של זמן עד שהאמריקאים יגיעו לטווח שבו הם יכולים להפציץ את איי הבית.
ההחלטה היתה לעודד את התנועות הלאומיות ולהקים ממשלות מקומיות שנאמנות ליפן שתהיינה אחראיות על הניהול הפנימי של המדינה ויפעילו את המתקנים. למזלם של היפנים המערביים לרוב לא הרסו את המתקנים כאשר הפסידו. האינדונזיה הם העמידו הנהגה מקומית בהנהגת מחמד האטה וסוקרנו (היה נשיא אינדונזיה כמעט שלושים שנה אחר כך), בהודו היה להם משתף פעולה בשם סובחי צ'נדזה בוס, בסין היה משתף פעולה בשם ואנג צ'ינג-ויי ובמנצ'וריה היה את הקיסר האחרון הנרי פו-יי. למעשה כמעט בכל מדינה היה להם משתף פעולה או נציג בשמם, וחלק מאותם מנהיגים נשארו גם אחרי המלחמה. היפנים עודדו שלטון עצמי ולא כפו על השטחים האלה לימוד יפנימ כפי שעשו בקוריאה ויפן, אלא הודיעו להם כי ילמדו יפנית כשפה שנייה או שלישית.
דילמה נוספת היא כיצד למחוק את ההשפעה של תרבות המערב, כאשר בכל מדינה שהיתה קולוניה היתה התמקדות בשפה ובתרבות של המדינה הכובשת. בעיה נוספת היתה להחליט מי יהיה אחראי על שטחים הכבושים. בכל המקומות שנכבשו כמעט לא היו פיגועים או פעולות אלימות נגד הצבא היפני – השלטונות המקומיים שיתפו פעולה בד"כ והלבנים הושפלו ורכושם נלקח. ביהודים היפנים לא פגעו במיוחד אלא רק כנתינים וחיילים של מעצמות מערביות.
היפנים לא השליטו טרור, אולם הם לקחו אנשים כדי לבצע עבודות כפייה, למשל הגדר מעל נהר קוואי. למשל היפנים איפשרו ליהודים לקיים את מצוות הדת שלהם, כמו אפיית מצות ויין לקידוש. הבעיות התחילו בסוף 43'-תחילת 44' כאשר התחילה תחושה שהם מפסידים את המלחמה והצוללות האמריקאיות החלו להסתובב באיזור. היפנים לא הצליחו להפנים את הרעיון של מלחמת צוללות ולא ידעו לבצע אותה. הצוללות האמריקאיות יצאו מפרל הארבור ומאוחר יותר מאוסטרליה ויכלו לשהות כשלושה שבועות, אך עם התקדמות המלחמה הטכנולוגיה האמריקאית השתפרה פלאים והם התחילו להטביע אוניות סוחר יפניות שהובילו אספקה ואוכל במרחב.
במושבות היפניות מאותה תקופה לא נשאר כמעט כלום והתרבות היפנית לא השאירה שם כמעט השפעה. השלטון היפני במושבות היה בצורה של "דמוקרטיה מודרנית". לי קוואן יון, מנהיג סינגפור המודרנית הגדיר זאת כך – "יש לי אי מלא באוכלוסיה שאני צריך לדאוג להם, מבחינתנו מה שחשוב זה סדר ומשמעת ואנרכיה זה קטסטרופה ועל כן האחריות שלנו היא כלפי האנשים. המסורת שלנו מתבססת על המשפחה, הקולקטיב והאומה והפרט הוא לא מרכז ההוויה".הדבר הזה נכון עבור כל האיזור עד היום, ובמדינות רבות במזרח אסיה עדיין יש דיקטטורה כזו או אחרת. היום השונות היחידות באזור הן יפן, טאיוון ודר"ק, שהן דמוקרטיות אמיתיות.
אחרי המלחמה כל המדינות שסבלו מהכיבוש היפני לא קיבלו מהם פיצויים אלא סיוע כלכלי ומקצועי במקום וכתוצאה מזה כמה מהן הפכו ל"נמרים של אסיה" – דר"ק, טאיוון, סינגפור ותאילנד.
תהליך קבלת ההחלטות במלחמה
אצל היפנים יש תופעה שקיימים גופים שכבר לא רלונטיים אבל לא רוצים לפרק אותם, אבל לוקחים מהם את הכוח ומעבירים לגופים אחרים יותר רלוונטי. באופן פורמלי ועל פי החוקה הקיסר הוא הסמכות העליונה ואין מהלך שלא נעשה ללא אישורו, ויש היסטוריונים שטוענים כי הקיסר היה אחראי על כל המהלכים במלחמה. למעשה הוא ידע מה קורה אבל לא ביצע את ההחלטות הלכה למעשה. ההילה של הקיסר היתה חצי דתית והעם היפני העריץ אותו ובשמו הלך למלחמה והוא הסמל של המהות הלאומית. כתוצאה מזה, הבעיה העיקרית שעמדה בפני מקבלי ההחלטות היא מה יהיה מעמדו של הקיסר לאחר הכניעה. האיש החשוב אחרי הקיסר הוא שומר החותם, שתפקד כרל"ש, והוא זה שקבע את מי יראה הקיסר ומה סדר היום שלו ועל כן היה חשוב ביותר. בעל התצפקיד הזה היה כותב את הנאומים של הקיסר והיה לו תפקיד מכריע כשהיה צריך למנות ראש ממשלה. בתקופת המלחמה מילא את התפקיד קידו קואיצ'י.