היכולת הטכנולוגית של היפנים בתחילת המלחמה היתה גבוה יותר משל האמריקאים, בעיקר בתחום המטוסים והצוללות, אולם מהר מאוד הם איבדו את הייתרון, כאשר האמריקאים פיתחו כלי נשק חדשים הרבה יותר מהר מהם. בין כלי הנשק הטובים יותר שלהם היו מטוסי הזירו, הצוללות הננסיות והטורפדו לטווח ארוך. לאמריקאים היה יתרון חומרי גדול מבחינת כמויות וכוח אש – לצי האמריקאי היו נושאות מטוסים, אניות מערכה, משחתות, פריגטות, קורבטות וצוללות. הצי היפני התמקד בעיקר בנושאות מטוסים ובשתי אוניות מערכה ענקיות – ימאטו ומוסשאי. הבעיה היתה שאוניות המערכה היו יקרות מאוד ובמשאבים שהושקעו בהם היו יכולים להיות מופנות לבנייה של הרבה יותר משחתות ופריגטות.
בעיה אסטרטגית נוספת היא ההבדלים בשיטה בין האמריקאים ליפנים – האמריקאים עבדו בשיטה של task force, כלומר כוח עצמאי שמסתובב בים ולא חוזר לבסיס הבית, היפנים לעומת זאת עבדו בצורה של mission force, כלומר כוח גדול שמבצע את המשימה וחוזר הביתה לבסיס במקום להישאר בזירה.
היפנים הבינו שעליהם להגן על נתיבי הים שלה, מכיוון שהיא תלויה בייבוא של מוצרי יסוד. הביעה שלהם היתה שהם לא הבינו מלחמת צוללות, והאמריקאים, שפיתחו צוללות יותר ויותר מתקדמות התחילו לעשות שמות בצי הסוחר. ליפנים היה נפט באינדונזיה, אבל לא היה להם דרך להעביר את המשאבים אל איי הבית. ככל שהאמריקאים התקרבו היה להם יותר בעיה להעביר את המשאבים.
האסטרטגיה העיקרית של היפנים היתה ממוקדת באיכות ולא בכמות, בעיקר מכיוון שלא היה להם, אבל לא רק, האמריקאים גדלו בשיטה של מאסות. הדבר בא לידי ביטוי בטייסים למשל – היפנים הכשירו מספר מצומצם יחסית של טייסים מומחין וכשאלה נהרגו נוצר ואקום. האמריקאים אימנו אלפי טייסים ומתוכם כמה מאות היו אייסים, וכאשר אחד נהרג הוא פשוט הוחלף.
מבחינת המערכת הבינלאומית היפנים לא ידעו לקרוא את המפה, הנסכם ריבנטרופ מולוטוב למשל הפתיע אותם לחלוטין, וכך גם הברית בין המערב ובריה"מ. הגרמנים רמזו להם רמיזות די עבות שהם הולכים לתקוף את הרוסים בסופו של דבר, אולם לא אמרו להם בצורה מפורשת ולא היה ממש שיתוף פעולה בין שתי מעצמות הציר. היפנים שלחו את סוגיהארה (יפני חסיד אומות עולם) כדי לרגל אחרי תנועות הצבא הגרמני והרוסי כאחד. באופן כללי הם דבקו בתזה של "כל העולם נגדנו", וחשבו שהם מנותקים ונפרדים משאר העולם. התוצאה היא שהם לא הורגלו לחשוב במונחים של פשרה ולא במונחים של מלחמה גלובלית. כמו כן, הם לא הבינו את מגבלות הכוח ולרסן את עצמם מול מעצמות חזקות יותר. אחרי המלחמה המדינה נכנסה להלם, מכיוון שהם הובסו בצורה כל כלך עמוקה, והציבור בכלל לא ידע שהמצב כל כך גרוע במהלך המלחמה.
כשלים טקטיים
ליפנים היה יכולת אלתור קטנה, והם התקשו להבין את המתרחש בשטח בזמן אמת. ליפנים לא היתה את טכנולוגיית הרדאר שהיתה לאמריקאים, למרות שהגרמנים העניקו להם את הטכנולוגיה – הם פשוט לא הבינו את הצורך. בעיה נוספת של היפנים היתה חוסר השקעה בלוגיסטיקה, בעיה שנבעה מרוח הסמוראים. רוח הסמוראים גורמת ללוחם לחפש תהילה אישית, ועל השקעה בלוחות זמנים, בתעבורה ותובלה וכו' לא מזכה את העוסק במלאכה במדליה ועל כן לא היה שווה בעיני הצבא והצי להשקיע ביכולות האלה. לאמריקאים לעומת זאת, היתה יחידת עילית של לוגיסטיקה שנקראה ה-SEABEES, שתפקידם היה להגיע לאי ולהקים שם בסיסים.
עוד בעיה של היפנים היתה זלזול במודיעין, אמנם לפני פרל הארבור נעשתה עבודת מודיעין יסודית והיפנים ידעו איפה ממקומת כל אוניה. מה שהיה חסר להם היה היכולת לראות את התמונה הכוללת, ואחד הכשלים הגדולים ביותר שלהם היה אי הבנת התרבות, הפוליטיקה והיכולות של האמריקאים.
היפנים העריכו כי האמריקאים לא יכולים להגיע לאיי הבית, והם שכנעו את הציבור בבית שאין לאמריקאים את היכולת הזו. הם לא הבינו את המשמעות של היכולות של ה-B29, שהיה מפציץ שיכול היה להגיע לאיי הבית ולטוס מעל הטווח היפני. מצד שני האמריקאים לא העריכו את הסיבולת של החייל היפני לפני המלחמה, שהיה גבוה הרבה יותר משל החייל האמריקאי. מכאן גם נובע חוסר האנושיות של המלחמה. בלחימה פנים אל פנים, היפנים לחמו טוב בלילה, הנשק האישי שלהם היה טוב, אולם החיילים הפשוטים גם פחדו מהמפקדים שלהם.