הקבינט היפני היה מורכב בעת המלחמה מ-15 שרים וניהל את עינייני המדינה בפועל בכל התחומים. הקבינט הזה היה גדול מידי לקבלת החלטות בקונצנזוס ועל כן הוקמה קבוצה מצמצמת של "ששת הגדולים" שניהלו את המלחמה החל מאפריל 45' – ראש הממשלה, שר החוץ, שר הצבא, שר הימיה, מפקד הצבא ומפקד הצי. הפרלמנט היפני המשיך להתקיים במהלך המלחמה, על אף שהמפלגות בוטלו, אך לא היה לו שום אמירה על ניהול המלחמה ולמעשה לא היה להם השפעה רבה, אף שעל פניו הוא תפקד כראוי ואפילו היו בחירות ב-42'. גוף נוסף שהיה קיים היה הג'ושין, שהיה יורש של הגנרו, אותם קצינים שביצעו את המהפכה של מייג'י ובשלב הזה כבר לא היו בין בחיים. הג'ושין הורכב מראשי ממשלה לשעבר ותפקידם היה לייעץ לקיסר באופן בלתי פורמלי ותפקידם העיקרי היה בבחירת ראש ממשלה אחרי התפטרות. כאשר טוג'ו התפטר ב-44' הלכו אל הג'ושין והציעו להם אחד אחד את התפקיד. הג'ושין היה מרכז לאנשים שהתנגדו מראש לכניסת יפן למלחמה, והיו להם נציגים בכל משרדי הממשלה וידעו מה קורה. אולם, בעת המלחמה הם לא יכלו להוציא את המידע הזה לתקשורת אלא רק לפעול להפלת טוג'ו.
בגלל ששיטת קבלת ההחלטות ביפן היא החלטה בקונצנזוס, והמועצה העליונה לא הצליחה לקבל את ההחלטה פה אחד (רוה"מ, שה"ח ושר הימיה היו בעד כניעה, ואילו שר הצבא, ומפקדי הצבא והצי התנגדו) הם פנו לקיסר שיכריע ויחתום על הכניעה בעצמו. ב-44' טוג'ו פורש, אולם בגלל חוסר היכולת לקבל החלטה על הכניעה המלחמה נמשכה ומרבית האבידות האזרחיות ביפן הם בשנה הזו, על אף שלא היו הישגים צבאיים משמעותיים ליפן באותה תקופה.
הוועידות במהלך המלחמה
הגישה הראשונה של רוזוולט וצ'רצ'יל בתחילת המלחמה היא רק קבלה של כניעה ללא תנאי, דבר שהרס את התכנית המקורית של היפנים – השגת הישגים ראשוניים ולבוא למו"מ עם האמריקאים מעמדה של ייתרון. המערביים לא היו מוכנים לשנות את עמדתם אולם בסופו של דבר הם הבניו כי כדי להשיג את הכניעה של היפנים עליהם לשמור על מעמדו של הקיסר ועל מעמדה של הממשלה. במהלך הועידות עלתה סוגייה מהותית נוספת – מה לעשות עם המושבות שהיפנים כבשו. צ'רצ'יל היה אימפריאליסט בדם, ולא היה מוכן לוותר על המושבות הבריטיות, מבחינתו הוא עדיין היה ראש ממשלה של אימפריה גדולה. רוזוולט לעומת זאת היה צריך להבהיר לו כי ארה"ב לא נלחמת באירופה כדי שבריטניה תשוב לשלוט על בורמה, וכדי להבהיר לו את הנקודה ארה"ב וויתרה על הפיליפינים. רוזוולט היה צריך להבהיר כי לצ'רצ'יל כי הוא כבר לא שולט על אימפריה גדולה אלא על אי קטן ונצור באירופה. דבר נוסף הוא שמכיוון שמדובר על כוחות צבאיים ועל גנרלים בעלי אגו אדיר שהובילו אותו – מונטגומרי ופאטון הם דוגמאות לכך וכדי לשלוט על השטחים בפועל היה צריך גנרל בעל יכולות מנהליות ודיפלומטיות גבוהות, כמו אייזנהאואר.
הוועידה הראשונה היתה בארקדיה באוגוסט 41' בין צ'רצ'יל ורוזוולט. רוסיה באותה תקופה כבר היתה במלחמה והגרמנים התקדמו לכיוון מוסקבה ובצפון אפריקה וכבשו את צרפת, כך שהמצב לא היה נראה טוב. ארה"ב עוד לא נכנסה למלחמה ועל כן עדיין לא היו תיאומים, אלא רק הזדמנות לצילום. רוזוולט רצה להוכיח שהוא תומך במיגור "שלטון הרשע" של הנאצים. יפן עוד בכלל לא היתה על סדר היום, אולם צ'רצ'יל מייעץ לרוזוולט להיות קשוח עם היפנים ולא להיכנע ללחץ שלהםף מתוך ידיעה שהוא לא יכול להחזיק את סינגפור ובורמה במקרה של תקיפה יפנית.
הוועידה השניה מתרחשת בוושינגטון בתחילת ינואר 42' ועמדה בסימן של פרל הארבור ותחילת הכיבושים היפנים במזא"ס (הונג-קונג נכנעה בחג המולד וכמה ימים לפני זה הוטבעו שתי ספינות באיטיות בסינגפור). היה ברור לשני הצדדים כי יש צורך בתיאום בין הצדדים וההחלטה העיקרית היא "אירופה תחילה" והחזקת מעמד באוקיינוס הפאסיפי. החלטה נוספת היא כי מקארתור יפקד על כוחות היבשה וגנרל נימיץ יפקד על הצי. מקארתור היה גנרל מעוטר ובעל הישגים, אולם הוא היה טיפוס בלתי נסבל שלפני המלחמה הקים את הצבא של הפיליפינים ובסופו של דבר הוא גם ניהל את הכיבוש האמריקאי אחרי המלחמה. באירופה מגיעות בעלות הברית למסקנה כי יש לעשות משהו כדי לפתוח חזית שנייה מול הגרמנים. נשאלת השאלה איפה, מתי, ומי יעמוד בראש העסק. התשובה היתה שיש לפעול כמה שיותר מהר, בצפון אפריקה ובראש הפעולה יעמוד הגנרל דוויט אייזנהאואר. הכוחות האמריקאים מצאו עצמם בתסבוכת, מכיוון שבצפון אפריקה שלטה באופן רשמי ממשלת ווישי הצרפתית, אולם היה שחקן נוסף בצרפת – דה-גול שישב אז באפריקה. הוא דרש שכל השטחים הצרפתים לשעבר שישוחררו יעברו אליו. הנחיתה התבצעה בנובמבר 42', ובאותו זמן בדיוק ניצח מונטגומרי את רומל באל-עלמיין והגרמנים התחילו בנסיגה בצפון אפריקה.
הוועדיה הבאה היתה בקזבלנקה בינואר 43' בהשתתפות צ'רצ'יל, רוזוולט ודה-גול. מה שחשוב בוועידה הזו הוא ההחלטה כי המטרה של המלחמה היא כניעה ללא תנאי גם של יפן וגם של גרמניה. לצ'רצ'יל היו הסתייגויות, אולם הוא היה חייב לרצות את דעת הקהל בבית, ועל לא התנגד. היפנים לא הבינו את המשמעות של ההחלטה והמשיכו להתנהל במלחמה כרגיל. בתקופה הזו יש לחץ על בעלות הברית מצד בריה"מ לפתוח בחזית באירופה כדי להסיט את הכוחות הגרמנים מרוסיה. אחרי הוועידה הזו החלו כוחות בעלות הברית לכבוש את צפון אפריקה ולהתקדם באיטליה.