אז מתחילים להתרחש אירועים שאין ליפנים שליטה עליהם. הסכם ריבנטרופ-מולוטוב נחתם ב-23.08.1939, והיכה את היפנים בתדהמה, ולא רק אותם, אלא את כל המדינות שסמכו על בריה"מ שתיכנס למלחמה. יפן הגיעה למסקנה כי היא לא תוכל להילחם בבריה"מ וכי הם חייבים להגיע איתם להסכם, כמו הגרמניה. לפני שיפן הסכימה להגיב, פלשה גרמניה לפולין ב-01.09.39, ונפתחה מלחמת העולם השנייה. הבליץ הגרמני הרשים מאוד את הצבא היפני, וחיזק מאוד את אלו שתמכו בקשר עם גרמניה. בריטניה וצרפת מכריזות מלחמה, אולם לא עושות דבר כדי להילחם בצרפת. באפריל 1940 גרמניה כובשת את דנמרק ונורווגיה. מבחינת יפן בשלב הזה, המטרה שלהם היתה לאחד את מזרח אסיה, לסלק את האימפריאליזם המערבי, לחסל את הקומוניזם באיזור ולהגביל את כוחה של רוסיה ביבשת.
הם עדיין לא יודעים מה לעשות בשלב הזה, יש להם רק מטרות, אולם נקודת המפנה היתה במאי 1940, כאשר גרמניה מביסה בבליץ את הולנד, בלגיה וצרפת. המהלך הזה נתן לצבא היפני את האות שהגיע הזמן לפעול. תבוסת המדינות האלה איפשרה ליפן להשתלט על השטחים שלהן במזא"ס – ויאטנם, סינגפור, שנגחאי, ואינדונזיה. הנחה שנייה היא שבריטניה אבודה ושארה"ב לא תתערב, ועל כן יש להגיע להבנה עם הגרמנים. בודדים חשבו שבריטניה תשרוד ושארה"ב תתערב. 1940 היתה שנת בחירות בארה"ב, ולא היה סיכוי שהנשיא יוותר על הנייטרליות שלו, כך חשבו היפנים. אולם הם לא שמו לב שרוזוולט מעניק סיוע עקיף לבריטניה, באמצעות מדיניות land and lease, שהעניקה ציוד צבאי רק לבריטניה ולא לגרמניה.
ב-28.9.1940 חתמו יפן, איטליה וגרמניה על הסכם הציר שהנקודות העיקריות שלו הן: יפן מכירה ומכבדת את מנהיגותן של איטליה וגרמניה בהקמת סדר חדש באירופה. גרמניה ואיטליה מכירות בזכות של יפן להקים סדר חדש באסיה. המעצמות תעזורנה אחת לשניה באמצעות משאבים והון. המדינות תצטרף לאחרות במקרה שארה"ב תתערב במלחמה. שלוש המעצמות מכריזות כי הסכם זה לא משפיע בשום צורה על היחסים של המדינות עם בריה"מ.
היפנים ראו בהסכם הזה מהלך הכרחי, מקביל לברית של בעלות הברית, אולם הם לא העריכו נכונה מה ההסכם הזה עושה לדעת הקהל בארה"ב. הקשר של יפן עם המעצמות האירופאיות הטוטליטאריות חיזק את עמדתו של רוזוולט שיש לבצע פעולה כלשהי נגד יפן, והוא חיזק את הסגר הכלכלי נגד יפן על ידי ביטול הסכם הסחר (או אי הארכתו).
בסוף שנות השלושים הגיעו מקבלי ההחלטות בארה"ב למסקנה כי אם יפן קשרה את גורלה עם משטריפ נאצים ופאשיסטים הדבר מקרב את יפן לעימות עם ארה"ב. עם זאת, נמנעו בארה"ב משימוש בכל התותחים הכבדים ולשרוף גשרים עם יפן והקדישו מאמצים לפיתרון המצב בדרכי שלום. ביפן ההסתבכות בסין התחילה לעלות בחיי אדם ולשרוף כספים בלי להביא תוצאות בולטות. היפנים החלו להבין כי עליהם לנסות למצוא פיתרון מדיני שם. הכוח שיפן החזיקה ביבשת הוא הכוח היבשתי הגדול ביותר של יפן. (בסוף המלחמה הדבר שהכי הדאיג את האמריקאים יהיה היפנים יחזירו את הכוחות האלה לאיי הבית, מה שיעלה את מחיר החיי האדם של הכיבוש. זה היה אחד השיקולים להטלת הפצצות הגרעיניות)
הסכם הציר
אחת הסיבות שהיפנים נכנסו להסכם היא מתוך הצפי שגרמניה תוכל להשפיע על בריה"מ לנתק את הקשרים עם סין הלאומנית ואולי אפילו לגרום לה לתווך בין יפן לבין צ'אנג קאי-שק. סיבה נוספת היא הליכה אחר המנצחים באירופה שבאותו זמן היו הגרמנים לאחר כיבוש הולנד, בלגיה וצרפת. בארה"ב האמינו חוקרים ומקבלי החלטות כי המדיניות היפנית נקבעת על ידי תכנית אב ותכנון לטווח ארוך, הנחה שהייתה רווחת בגלל שבגרמניה ובאיטליה התהליך היה כזה, ועל כן גם השותף השלישי בציר פעול כנראה בצורה הזו. אלא שלאחר המלחמה, כאשר נתפסה ההנהגה הצבאית והאזרחית והועמדה למשפט, הטענה של האמריקאים כי היתה קנוניה התבררה כי כמוטעית ולא היתה חשיבה לטווח ארוך בקרב מקבלי ההחלטות היפנים. הדבר הפתיע מאוד את האמריקאים, בייחוד כשהתברר להם שהיו חילוקי דעות תמידיים בקרב הפיקוד הבכיר של הצבא והצי.
עוד התבררה במשפט העוצמה האדירה של הפקידות הבכירה במהלך המלחמה, בייחוד בגלל שהצבא לא התעסק איתם, כי היה צריך אותם. כמו כן התברר כי לקצונה הבינונית ואפילו לקצונה הזוטרה היתה השפעה גדולה על מהלכי המלחמה מכיוון שהיתה להם העזה רבה, בניגוד לגנרלים המבוגרים והזהירים יותר. התופעה הזוט מוכרת בצבאות רבים בעולם, אולם רק ביפן יש לדרג הזה השפעה כל כך גדולה, אולי בגלל שהרבה מהם חברים באגודות חשאיות. האמריקאים גילו במשפטים כי לג'ושין (חבורת ראשי הממשלה לשעבר שייעצה לקיסר) היתה השפעה גדולה בתור מחנה השלום שתמכו בהפסקת המלחמה