ליפן היו בעיות שלקבלת החלטות בגלל הצורך לקבל החלטות בקונצנזוס. בעיה נוספת היתה שלא היתה מערכת אזרחית שתאזן את הצבא, תדרוש ממנו דיווח ותעביר עליו ביקורת, בעוד במדינות מערביות אחרות היתה מערכת כזו, אפילו בגרמניה הנאצית. הצבא שיתף פעולה עם הממסד האזרחי מכיוון שהוא זה שסיפק לצבא את המשאבים, מצד שני, אין לממסד האזרחי יכולת לבקר את הצבא. בארה"ב לעומת זאת הצבא היה תחת פיקוח של הממסד האזרחי כאשר הנשיא היה המפקד העליון, גם אם הוא לא בא מרקע צבאי. ביפן הצבא לא רק שלא דיווח על מעשיו לממסד האזרחי אלא אף שיקר להם. היחיד שהיה מעל הצבא באופן תיאורטי היה הקיסר, אולם הוא היה רדוף טראומה של "מה יקרה אם הצבא יתמרד נגד ההחלטה" וחשש שבמצב כזה תיווצר אנרכיה. ברגע שעל הצבא אין פיקוח, הוא לא צריך לחשוב שנית על מעשיו. לפי החוקה הקיסר הוא העומד בראש המערכת, אבל לא ברור מהחוקה מה בדיוק הסמכויות שלו. הדבר הזה יוצר שילוב מסוכן של שלטון אבסולוטי, אולם ללא הגדרה למי הסמכות, ונוצר מצב שלא ברור מי בדיוק ממנה מי ולמי יש זכות להעביר ביקורת על מי. במצב הזה אין הגבלה לכוחם של הצי והצבא.
גם הצבא וגם הצי התרגלו לומר שהאינטרסים שלהם הם מעל האינטרס הלאומי, ולמעשה הם האמינו שהם צבא עם מדינה והמדינה צריכה לשעבד אתה משאבים שלה למען המטרה של המבא והצי. התוצאה היתה שיעבוד כספים רבים, גיוס האוכלוסיה והכלכלה ועוד. הבעיה היא שמצב כזה קשה להודות בשגיאות וכל ביקורת נתפסת כפגיעה בכבוד הלאומי. במחקרים מודרנים על מלחמת רוסיה-יפן מתברר שהיו המון פאשלות והמון כשלים טקטיים, בין היתר הם לא הבינו שהם ניצבים מול אויב שנמצא מאוד רחוקר מהם ושכוח האדם הרוסי הוא בלתי נגמר. הרוסים גייסו לא רק רוסים אלא גם שבטים שונים שהיו בשטח שליטתם. היפנים חשבו שאם יצליחו להטביע את הצי ולכבוש את פורט ארתור המלחמה תיגמר, אולם מהר מאוד התברר להם שאורך הנשימה שלהם קצר. על כן, הם רמזו לרוזוולט שיבוא לתווך בינם לבין רוסיה. אם מישהו היה אומר את זה אחרי המלחמה, הוא היה מוקע בציבור כמי שפוגע בכבוד הלאומי.
עם זאת, היתה בעיה נוספת של יריבות בין הצבא והצי, על תקציבים, כוח אדם, משאבים. כל אחד מהגופים האלה יצא במערכת תקשורתית לצבור פופולריות בציבור כדי להשיג תמיכה על חשבון השני. שני הגופים היו נפרדים לחלוטין ואין ביניהם תיאום וברגע שאין תיאום זה מוביל לסדרה של דיונים. ב-37' מוקם המטה הכללי שבעיקר היה פורום לדיונים ממושכים בין הצדדים, דבר שהוביל לקבלת החלטות איטית, וגם לאי הסכמה על המטרות האסטרטגיות של יפן.
תרבות שונה
טעויות רבות של היפנים נובעות מהמסורת שלהם והתרבות המיושנת שלהם. הם לא הבינו מה נדרש ממדינה במלחמה מודרנית ורובם היו תקועים במלחמת רוסיה יפן, מכיוון שמרבית הגנרלים היו בוגרי אותה מלחמה. מעמד הלוחמים ביפן תמיד נתפס במעמד העליון, עוד מתקופת טוקוגאווה. הערכים של הלוחם נשארו במידה רבה זהים גם לאחר פירוק המעמד – נאמנות, נכונות לתת הכל למען המטרה, אי כניעה. לכן, המלחמה לא נתפסה כמשהו קטסטרופלי אלא כמשהו חיוני וחיובי. הגישה היתה שהרוח עדיפה על החומר והמטריאליזם הוא נחות, ועל כן מדינות המערב שפוחדות ממלחמה ומעדיפות את החומר על הרוח הן חלשות וניתנות לתמרון. דבר נוסף שמאפיין את האידיאולגיה של הסמוראים הוא שאין פשרות ואי אפשר לוותר. הערכים האלה לא הביאו בחשבון את האפשרות של מלחמה ממושכת ומודרנית, אלא הם מתמקדים בסמוראי הבודד. ברגע שאדם נשען על רוח הסמוראי אתה לא מבין מה זו עוצמת אש או אמצעי לחימה חדשים, והם לא לקחו בחשבון את הטקטיקה של האמריקאים שפשוט באו והפגיזו את האיים לפני בכוח אש עצום לפני שהכניסו חיילים.
ספציפית לגבי האמריקאים – היפנים חשבו שמודבר באומה חלשה ופחדנית, שאין לה הומוגניות ויכולת עמידה מאוחדת. היחיד שהבין את האמריקאים היה האדמירל ימאמוטו.
היפנים לא הבינו את הכניעה של המעצמות הזרות – הם לא הבינו איך אלפי חיילים בסינגפור, בהונג-קונג ובשאר הקולוניות פשוט נכנעים. הם לא הבינו שעבור המערב היה מדובר בנסיגה אסטרטגית, ושהמערב רגיש הרבה יותר לנושעא האבידות. ביפן אין חשיבות לדעת הקהל ומכאן נובע גם היחס הגרוע שלהם לשבויי מלחמה. הם לא הוציאו להורג שבויים, אבל הם התעללו בהםף מבלי להבין כיצד הדבר משפיע על התדמית שלהם ברחבי העולם.